La limpieza de punzones y Matrices es indispensable para retirar los residuos y evitar la contaminación del producto. Se recomiendan los baños ultrasónicos, ya que permiten obtener resultados consistentes de limpieza, reducir el tiempo del operario y procesamiento (el tiempo de limpieza normalmente es de 5 minutos) y reducir el riesgo de contaminación del comprimido.
Los limpiadores automáticos han sido diseñados para limpiar grandes volúmenes de punzones de manera rápida y eficiente, requieren un mínimo de conocimientos por parte de los operadores reduciendo el riego de contaminación cruzada y corrosión.